新算法检测和识别新型细菌生物
2024-01-22
来源: drugdu
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医院经常遇到未知的细菌，识别这些病原体对于有效的细菌感染治疗至关重要。通常，医学实验室分析可以识别这些病原体，但标准方法有时达不到要求，尤其是在处理未分类的细菌或难以培养的细菌时。自2014年以来，一个专门的研究团队一直在收集和分析含有这种难以捉摸的细菌的患者样本，从而发现了30多种新的细菌，其中一些与重大临床感染有关。
巴塞尔大学（瑞士巴塞尔）的研究小组从各种患者的血液和组织样本中总共检查了61种未经鉴定的细菌病原体。这些病原体以前无法通过质谱或部分细菌基因组测序等传统实验室技术进行鉴定。研究人员随后采用了一种更新的方法对这些细菌的完整遗传物质进行测序。通过使用在线工具将基因组与已知菌株进行比较，他们在61个样本中鉴定出35种以前未知的细菌。其余26个菌株被归类为难以识别。这些菌株的基因组序列要么最近被添加到数据库中，要么最近才得到准确的分类描述。在审查患者数据后，他们发现35种新毒株中有7种具有临床相关性，这表明它们有可能导致人类细菌感染。这些新鉴定的物种大多属于棒状杆菌属和沙利亚属，革兰氏阳性杆菌通常是人类皮肤微生物组和粘膜的一部分。尽管这些物种经常被忽视和研究不足，但当它们进入血液时，例如通过肿瘤，会导致感染。
在一名患者被狗咬伤后发炎的拇指中发现了一种特别具有挑战性且具有潜在临床意义的病原体。这一发现使巴塞尔研究小组认为它是一种需要密切监测的新病原体。同样，加拿大的一个研究小组从狗或猫咬伤的伤口中分离出这种细菌，并于2022年将其命名为Vandammella animalomorsus。巴塞尔团队还计划命名他们的新物种，其中两个已经命名：三区拟棒杆菌，指的是巴塞尔靠近瑞士、法国和德国边境的位置。该项目正在进行中，巴塞尔大学医院的团队继续从患者样本中收集和测序未知病原体。他们已经确认了20多个新物种。这项正在进行的研究对医学诊断的未来至关重要，因为它将从一开始就对罕见病原体引起的感染进行更准确的诊断和有效的治疗。
领导该团队的微生物学家Daniel Goldenberger博士表示：“新发现的细菌种类与其临床相关性之间的这种直接联系在过去很少发表。我们注意到了一个主要的动态——由于细菌学的技术进步，关于新发现的细菌种类的报道越来越多。”
来源：
https://www.labmedica.com/microbiology/articles/294799961/new-algorithm-detects-and-identifies-novel-bacterial-organisms.html
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