原汉坦病毒在欧亚大陆以其引起肾综合征出血热（HFRS）和在美洲引起汉坦病毒心肺综合征的能力而闻名，由于其高传播率和对健康的影响，是重大的公共卫生问题。这些人畜共患病原体一直是广泛研究的焦点，特别是在控制疫情和制定干预策略方面。在韩国京畿道，报告了大量的手足口综合征病例，这突出表明需要进行认真的流行病学监测，并更深入地了解原汉坦病毒的基因组多样性。现在，新的研究揭示了成本效益高的Flongle测序在基于汉坦病毒基因组的快速诊断和系统地理监测中的潜力。
韩国高丽大学医学院（韩国首尔）的一个研究小组在京畿道进行了一项研究，以调查汉坦原汉坦病毒（HTNV）的流行率、病毒载量和遗传变异。他们利用Flongle测序这一创新且经济实惠的方法来检测HTNV基因组，强调了Oxford MinION纳米孔测序仪在下一代测序技术领域的应用。该团队的方法包括使用活陷阱从不同地区捕获啮齿动物和鼩，然后进行线粒体DNA分析、间接免疫荧光抗体测试，以及其他用于物种识别和病毒检测的分子方法。
在2017年至2018年京畿道的监测期间，注意到大量存在黑线姬鼠，一种常见的啮齿动物。其中，12.4%的人被发现对HTNV呈血清阳性，这表明该病毒在该地区的流行率。Flongle测序的使用是从阳性样本中获得全长基因组序列的关键，实现了与Illumina测序同等的高覆盖率和准确性。该研究的系统地理学分析揭示了HTNV三方基因组之间的明显进化差异，基因聚类和进化模式的不一致突出了病毒的片段特异性进化。
虽然这项研究提供了关键的见解，但研究人员承认存在局限性，如需要增强基于Flongle的诊断的敏感性测试，以及需要在某些流行地区提供更广泛的基因组和流行病学数据。这项研究代表着对原汉坦病毒的理解取得了重大进展，并为更集中的策略抗击HFRS疫情奠定了基础。这些发现强调了基因组学在疾病监测中的重要性，并有望改善对新发传染病的反应。
领导这项研究的韩国大学医学院的金元松教授表示：“我们使用基于纳米孔的Flongle芯片开发了一种快速灵敏的现场诊断，合理的成本约为100美元。这种方法可以在3小时内对HTNV进行几乎全基因组测序。“我们相信，我们的发现为现场诊断、基于基因组的监测和原汉坦病毒的进化动力学提供了重要见解，以缓解韩国HFRS流行地区的汉坦病毒爆发。我们的研究率先将成本效益高的Flongle测序整合到汉坦病毒诊断中，为现场检测提供了快速准确的工具。这项创新有可能改变我们处理和管理汉坦病毒爆发的方式。"

来源：
https://www.labmedica.com/molecular-diagnostics/articles/294800433/new-hantavirus-rapid-test-paves-way-for-early-outbreak-control.html

责编: editor