骨髓移植，也称为造血细胞移植（HCT），是白血病、骨髓衰竭和各种遗传疾病（包括先天性免疫缺陷和镰状细胞病）儿童的关键治疗方法。然而，这个过程是激烈的，需要高剂量的化疗来根除骨髓中的病变细胞。这种治疗抑制免疫系统，使健康的干细胞生长，然后将其移植到患者体内。由于这种免疫抑制，患者在免疫系统“重新启动”的关键阶段对病毒、细菌和其他病原体高度敏感。肺部感染在这些患者中尤其普遍，影响多达40%的儿童HCT接受者。当这些感染需要呼吸机支持时，死亡率可能高达50%。识别所涉及的特定病原体具有挑战性，因为考虑到可能影响肺部的多种病原体，使用传统诊断测试的医生可能无法针对正确的病原体。
一个国际团队开发了一种突破性的方法，其中包括加州大学旧金山分校（加州大学旧金山分校，旧金山，美国）和Chan Zuckerberg Biohub旧金山分校（CZ Biohub SF，旧金山，美国）的研究人员，该方法使用了一种复杂的方法，可以快速全面地检测肺部的所有潜在致病生物。这项技术揭示了特定微生物群落与死亡风险增加之间的联系，为更准确的诊断铺平了道路，并可能为提高移植后存活率提供更有效的治疗。该团队摒弃了传统的诊断方法，如针对特定病原体的培养，采用宏基因组下一代测序（mNGS）来分析各种儿科患者的肺液样本。他们对每个样本的总RNA进行了测序，确定了存在的每种类型的微生物，而不限制对已知病原体的分析。
在分析基于云的免费宏基因组平台Chan Zuckerberg ID上的测序数据后，研究人员惊讶地发现，不仅有细菌和病毒，还有其他生物，如猫粪便中的寄生虫弓形虫；棘阿米巴，一种来自土壤的变形虫；以及真菌，如隐球菌和肺孢子虫。在评估了患者肺部的微生物组组成后，研究人员将参与者分为四组，并检查了每一组的临床结果。死亡率最高的集群表现出显著的肺部炎症和细胞损伤，其肺部微生物组中的微生物种类明显减少，但存在显著的葡萄球菌和病毒种群。研究发现，肺部的免疫环境改变得越多，肺部微生物组就越扭曲，观察到的感染率就越高。研究人员还指出，抗生素治疗与细菌数量减少之间存在着强烈的相关性，而病毒和真菌群落的增加则抵消了这一相关性。他们指出，由于病情最严重的患者接受了更多的抗生素治疗，因此区分微生物导致的死亡仍然是一项复杂的任务。
“我们从32家医院的229名儿童骨髓移植患者身上采集了样本，”第一作者、加州大学旧金山分校儿科助理教授Matt Zinter表示。“我们在一个完全独立的队列中验证了我们的结果，这表明肺部微环境对死亡风险具有预测性或预后性。我们的最终目标是找出如何调节肺部生物学以造福患者。”
Zinter补充道：“HCT患者的肺部感染是复杂的——可能有常见的微生物引起，但也有非常罕见和不常见的微生物。我们发现了治疗这些患者的医生可能根本不知道的生物体，因为目前还没有一个好的临床测试可供他们使用。”

来源：
https://www.labmedica.com/molecular-diagnostics/articles/294801340/new-method-for-lung-microbiomes-analysis-predicts-mortality-in-children-after-bone-marrow-transplant.html

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